Σε αυτό στεγάζονται όλα τα αρχεία και αρχειακές συλλογές, που υπήρχαν αλλά και αποκτήθηκαν τα τελευταία χρόνια. Το Αρχειακό υλικό που καλύπτει μία περίοδο από το 1217 έως το 1975 είναι συγκεντρωμένο σε αυτό το τμήμα και είναι τακτοποιημένο και αρκετό μέρος του καταλογογραφημένο. Σ’ αυτό έχει συγκεντρωθεί ο βασικός κορμός του αρχειακού υλικού που «παρήχθη» στην Κρήτη από τους κατακτητές της, στη διάρκεια επτά περίπου αιώνων (1217-1898) και το σύνολό του είναι προσιτό στους ερευνητές.
Οι κυριότερες συλλογές δημοσίων εγγράφων του Τμήματος Αρχείων της «Β.Δ.Β.» είναι:

Το Βενετσιάνικο Αρχείο: Περιλαμβάνει αρχεία που αποκτήθηκαν σε μικροφίλμ και είναι σχετικά με την περίοδο της Βενετοκρατίας.

Το Τουρκικό Αρχείο Ηρακλείου. Αποτελείται, κατά βάση, από χειρόγραφους Κώδικες του Ιεροδικείου Ηρακλείου, που εκτείνονται σε χρονικό διάστημα 230 ετών και είναι γραμμένοι στην τούρκικη γλώσσα με την παλιά αραβική γραφή -γλώσσα την οποία μπορούν να διαβάσουν μόνον όσοι την έχουν σπουδάσει ειδικά. Στους κώδικες αυτούς οι κατήδες καταχωρούν όλα τα σχετικά έγγραφα με τη δημόσια λειτουργία της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Στο Τουρκικό Αρχείο Ηρακλείου έχουν πρόσβαση ερευνητές με συγκεκριμένη ερευνητική εργασία και με γνώση των Οθωμανικών.
Το Ηλεκτρονικό Τουρκικό Αρχείο, που αποτελεί μέρος της ΨΗΦΙΑΚΗΣ ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΗΣ ΙΣΤΟΡΙΚΩΝ ΕΓΓΡΑΦΩΝ, περιέχει 398 κώδικες, 124 ντοσιέ, 114 πρωτόκολλα, 26 τεφτέρια, 107 βιβλία και 10 φάκελλοι από το 1637 έως το 1930 και δίνει τη δυνατότητα άμεσης αναζήτησης των ψηφιοποιημένων τεκμηρίων μέσω διαδικτύου.

Το Αρχείο της Δημογεροντίας Ηρακλείου: Ο θεσμός των «δημογεροντιών» ίσχυσε στα τελευταία σαράντα χρόνια της τουρκικής κυριαρχίας (1858-1900). Πρόκειται για ένα μόρφωμα θεσμού κοινοτικής αυτοδιοίκησης, στα πλαίσια των προνομίων που παρείχαν οι Οθωμανοί στους Χριστιανικούς κυρίως πληθυσμούς, για την αποφυγή έξαρσης εθνικών επαναστατικών αγώνων. Στη δικαιοδοσία τους αναγόταν η επίλυση προβλημάτων οικογενειακού και κληρονομικού δικαίου, καθώς και η επιστασία κοινωφελών καταστημάτων, σχολείων, νοσοκομείων κ.α. Οι δημογεροντίες παρενέβαιναν και στη διαχείριση των ορφανικών περιουσιών μέσω της Χριστιανικής Ορφανικής Τραπέζης. Η γλώσσα των χειρογράφων τεκμηρίων είναι τα ελληνικά εκτός από μερικούς τίτλους ιδιοκτησίας (χοτζέτια) που είναι στα οθωμανικά. Η πρόσβαση στο Αρχείο με βάση τους όρους πρόσκτησης γίνεται δυνατή κατόπιν έγκρισης από την «Β.Δ.Β.»
Το Ηλεκτρονικό Αρχείο της Δημογεροντίας, που αποτελεί μέρος της ΨΗΦΙΑΚΗΣ ΒΙΒΛΙΟΘΗΚΗΣ ΙΣΤΟΡΙΚΩΝ ΕΓΓΡΑΦΩΝ, περιέχει 555 φακέλους (181.841 φύλλα) από το 1858 έως το 1900 και δίνει τη δυνατότητα άμεσης αναζήτησης των ψηφιοποιημένων φακέλων μέσω διαδικτύου.

Το Αρχείο Γερμανικής Κατοχής: Τη δεκαετία 1993-2003 η «Β.Δ.Β.» προχώρησε στις ενέργειες για την απόκτηση των γερμανικών αρχείων κατοχής 1941-1945. Στο Φράιμπουργκ εντοπίσαμε όσα έγγραφα συναποτελούσαν ότι αποκαλείται «Γερμανικό Αρχείο Κατοχής της Κρήτης» και δώσαμε την εντολή για την αναπαραγωγή τους. Την περίοδο αυτή μεταφράζονται και θα ακολουθήσει η έκδοση τους σε τόμους.